Lincoln und Mary Todd gingen, um eine Aufführung im Ford's Theater zu besuchen. Das Stück war Our American Cousin, eine Musikkomödie. Als Lincoln in der Loge saß, feuerte John Wilkes Booth, ein Schauspieler aus Maryland, Einwohner von Virginia und Sympathisant des Südens, einen einzigen Schuss aus einer Derringer-Pistole mit Rundschuss auf den Kopf des Präsidenten und rief „Sic semper tyrannis!“ („Also immer den Tyrannen“, Motto des Bundesstaates Virginia). Booth sprang vom Balkon auf die Bühne; Das Publikum glaubte, dass er sich verbeugte, als er aufstand, aber die Wahrheit ist, dass er sich das Bein gebrochen hatte.
Booth humpelte zu seinem Pferd und konnte fliehen. Der tödlich verwundete Präsident wurde nach der Behandlung durch den im Theater anwesenden jungen Militärarzt Charles August Leale in ein Haus auf der anderen Straßenseite gebracht, wo er ins Koma fiel, bis er zehn Stunden nach dem Angriff starb. Booth und mehrere seiner Gefährten (einige von ihnen erwiesen sich später als unschuldig) wurden schließlich gefangen genommen und gehängt oder eingesperrt. Eine Ausnahme hiervon bildet der Fall von Booth, der von einem Polizisten getötet wurde.
Lincolns Trauerzug. Lincolns Leichnam wurde mit dem Zug in einem prächtigen Trauerzug durch mehrere Bundesstaaten getragen. Die Nation trauerte um einen Mann, den viele für den Retter der Vereinigten Staaten und den Beschützer und Verteidiger dessen hielten, was Lincoln selbst „die Regierung des Volkes, durch das Volk und für das Volk“ nannte. Seine Kritiker argumentieren, dass es tatsächlich die Konföderierten waren, die das Recht auf „Regierung für das Volk“ verteidigten, und dass es Lincoln war, der dieses Recht unterdrückte.
Seine sterblichen Überreste ruhen auf dem Oak Ridge Cemetery in Springfield, Illinois.