Tien jaar later beantwoordt Alice een oproep om terug te keren naar Wonderland, de plaats nauwelijks herkennend. Van de schimmelrot van het Mushroom Forest tot de chemie van het Mad Hatter's Domain, Wonderland rot tot in de kern. Niet afgeschrikt door de misselijkmakende omgeving en het dodelijke gevaar dat haar omringt, moet Alice de chaos ongedaan maken en streeft ze ernaar het geheim te ontrafelen dat haar achtervolgt. Vanuit de verschillende rijken van Wonderland zoekt Alice naar antwoorden.
In gevechten krijgt Alice een klein aantal wapens die op verschillende manieren kunnen worden gebruikt. Zijn belangrijkste wapen (en handelsmerk) is de Vorpal Blade, een versierd keukenmes.