Daenerys Targaryen er en karakter fra A Song of Ice and Fire-serien af bøger, skrevet af George RR Martin. Daenerys er en af hovedpersonerne og har kapitler fortalt fra hendes synspunkt i Game of Thrones, Clash of Kings, A Storm of Swords og A Dance with Dragons. I tv-tilpasningen Game of Thrones spilles karakteren af skuespillerinden Emilia Clarke.
Daenerys var den eneste datter af kong Aerys II Targaryen og hans søster-kone, dronning Rhaella. Efter hendes fars og ældre brors død i Usurperkrigen, døde hendes mor og fødte lille Daenerys. På denne måde forblev hendes ældre bror Viserys som den legitime Targaryen-konge på Jerntronen og hun som hans arving.