Lincoln og Mary Todd rejste for at deltage i en forestilling i Ford's Theatre. Stykket var Our American Cousin, en musikalsk komedie. Mens Lincoln sad i kassen, affyrede John Wilkes Booth, en Maryland-skuespiller, Virginia bosiddende og sydstatssympatisør, et enkelt skud fra en rundskudt Derringer-pistol mod præsidentens hoved og råbte "Sic semper tyrannis!" ("Altid til tyranner", Virginia statens motto). Booth sprang fra balkonen op på scenen; Publikum troede, at da han rejste sig, bukkede han, men sandheden er, at han havde brækket benet.
Booth haltede hen til sin hest og formåede at flygte. Præsidenten, dødeligt såret og efter at være blevet behandlet af den unge militærlæge Charles August Leale, til stede i teatret, blev ført til et hus på den anden side af gaden, hvor han faldt i koma, indtil han døde ti timer efter angrebet. Booth og flere af hans ledsagere (nogle af dem blev senere bevist uskyldige) blev til sidst fanget og hængt eller fængslet. Undtagelsen fra dette er tilfældet med Booth, der blev dræbt af en politibetjent.
Lincolns begravelsestog. Lincolns lig blev båret med tog i et storslået begravelsesoptog gennem flere stater. Nationen sørgede over en mand, som mange betragtede som USA's frelser og beskytter og forsvarer af, hvad Lincoln selv kaldte "folkets regering, af folket og for folket." Hans kritikere hævder, at det faktisk var de konfødererede, der forsvarede retten til "regering for folket", og at det var Lincoln, der undertrykte denne ret.
Hans rester hviler på Oak Ridge Cemetery i Springfield, Illinois.