Lincoln en Mary Todd vertrokken om een optreden bij te wonen in Ford's Theatre. Het stuk was Our American Cousin, een muzikale komedie. Terwijl Lincoln in de kist zat, vuurde John Wilkes Booth, een acteur uit Maryland, inwoner van Virginia en sympathisant uit het Zuiden, een enkel schot af met een rondschot Derringer-pistool op het hoofd van de president en riep "Sic semper tyrannis!" ("Dus altijd voor tirannen", staatsmotto van Virginia). Booth sprong vanaf het balkon het podium op; Het publiek geloofde dat hij boog toen hij opstond, maar de waarheid is dat hij zijn been had gebroken.
Booth hinkte naar zijn paard en wist te ontsnappen. De president, dodelijk gewond en behandeld door de jonge militaire arts Charles August Leale, aanwezig in het theater, werd naar een huis aan de overkant van de straat gebracht, waar hij in coma raakte tot hij tien uur na de aanval stierf. Booth en een aantal van zijn metgezellen (sommigen van hen werden later onschuldig bewezen) werden uiteindelijk gevangengenomen en opgehangen of gevangen gezet. De uitzondering hierop is het geval van Booth die werd vermoord door een politieagent.
Lincoln's begrafenisstoettrein Lincoln's lichaam werd per trein in een prachtige begrafenisstoet door verschillende staten gedragen. De natie treurde om een man die door velen werd beschouwd als de redder van de Verenigde Staten en als de beschermer en verdediger van wat Lincoln zelf 'de regering van het volk, door het volk en voor het volk' noemde. Zijn critici beweren dat het in feite de Zuidelijken waren die het recht op "regering voor het volk" verdedigden en dat het Lincoln was die dat recht onderdrukte.
Zijn stoffelijk overschot rust op de Oak Ridge Cemetery in Springfield, Illinois.