Daenerys Targaryen is een personage in de boekenreeks A Song of Ice and Fire, geschreven door George RR Martin. Daenerys is een van de hoofdpersonen en heeft hoofdstukken die vanuit haar oogpunt worden verteld in Game of Thrones, Clash of Kings, Storm of Swords en Dance of Dragons. In de televisiebewerking Game of Thrones wordt het personage gespeeld door actrice Emilia Clarke.
Daenerys was het enige kind van koning Aerys II Targaryen en zijn zuster-vrouw, koningin Rhaella. Na de dood van haar vader en oudere broer in de Usurper's War, stierf haar moeder bij de geboorte van de kleine Daenerys. Op deze manier werd haar oudere broer Viserys overgelaten als de rechtmatige Targaryen-koning van de IJzeren Troon en zij als zijn erfgenaam.