Het begin van de Shinobi Ninja-provincies
Om zichzelf, hun huizen en families te beschermen tegen de voortdurende oorlogvoering van de Sengoku-periode (1467-1598), vormden gewone mensen, bekend als shinobi, hun eigen kaste buiten de gebruikelijke feodale sociale categorieën zoals heren, samoerai en lijfeigenen. Hoewel hun stealth misschien nog verder teruggaat, duurde het tot de Sengoku-periode voordat ninja's specifiek werden getraind voor hun doel: het benutten van constante oorlogsvoering.
De Yamabushi leefden ook in de bergachtige streken van Iga en Koga en beoefenden religie en innerlijke vrede. Het nieuwe kastensysteem werd gedeeltelijk door hen gesticht, omdat zij niets te maken wilden hebben met de wrede buitenlandse oorlog. Door de vorming van hun eigen kastensysteem konden de twee ninjabolwerken Iga en Koga informatie uitwisselen en hun eigen technieken op het gebied van geneeskunde, spionage, oorlogvoering en moord beoefenen. Zowel Iga als Koga werden geregeerd door een raad in plaats van door een daimyo (heerser), waardoor ze politiek en sociaal onafhankelijke, democratische en zelfbesturende ninjaprovincies werden. Aan dit tijdperk zou echter een einde komen toen de laatste Koga-ninja werd ingezet bij de Shimabara-opstand in 1637 en de berggebieden onder de heerschappij van het Tokugawa-shogunaat en zijn 300 daimyo's kwamen. De Shimabara-opstand was de grootste burgeroorlog in Japan tijdens de relatief vreedzame Edo-periode (1603-1867). Met het einde van de Edo-periode werd de keizerlijke heerschappij in Japan hersteld door de Meiji-keizer en de Boshin-oorlog.
ninja-wapens
Tijdens de Sengoku- en Edo-periode ontwikkelden de twee ninjabolwerken Iga en Koga hun eigen wapens, samen met vechtsporten. De favoriete wapens van de ninja's waren de katana en de zwaarden met rechte bladen, zoals de ninjato. Er waren veel technieken die de ninja met deze zwaarden gebruikte, waaronder het gebruik ervan als wapens en afleiding. Ninja-zwaarden waren tot aan de punt van de schede bedekt met een mengsel van rode peper en aarde. Toen het zwaard uit de schede werd gehaald, werd het mengsel in de ogen van vijanden gegooid om hen af te leiden van de fatale slag.
Veel wordt aan de verbeelding overgelaten, aangezien veel van de informatie over de nationale mythe rond de ninja afkomstig is uit volksverhalen en de moderne popcultuur. Dit mysterie rond shinobi heeft geleid tot de overtuiging dat sommigen van hen zelfs bovennatuurlijke krachten bezaten, zoals vliegen, onzichtbaar worden, van vorm veranderen, het vermogen om zich in verschillende lichamen te 'splitsen', dieren op te roepen en controle over alle vijf de klassieke elementen.
De moderne ninja uit de popcultuur is grotendeels geïnspireerd door acteur, schrijver en krijgskunstenaar Sho Kosugi, die het ninjazwaard met recht blad beroemd maakte door zijn films en tv-shows in de jaren 80. Er wordt nog steeds gedebatteerd over de vraag of een ninjazwaard met recht blad met een vierkante tsuba bestond echt in het feodale Japan, hoewel deze op veel schilderijen wordt afgebeeld. Mythe of niet, de Kage No Senshi Chokuto is een eerbetoon aan de grote Sho Kosugi en de Ninja To die hij opnieuw populair maakte.