Zehn Jahre später beantwortet Alice einen Anruf, um ins Wunderland zurückzukehren, und erkennt den Ort kaum wieder. Von der Pilzfäule des Pilzwaldes bis zur Chemie der Domäne des verrückten Hutmachers verrottet das Wunderland bis ins Mark. Unbeeindruckt von der widerlichen Umgebung und der tödlichen Gefahr, die sie umgibt, muss Alice das Chaos rückgängig machen und versucht, das Geheimnis aufzudecken, das sie verfolgt. In den verschiedenen Reichen des Wunderlandes sucht Alice nach Antworten.
Im Kampf erhält Alice eine kleine Anzahl von Waffen, die auf verschiedene Arten eingesetzt werden können. Seine Hauptwaffe (und sein Markenzeichen) ist die Vorpal-Klinge, ein verziertes Küchenmesser.